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Il secondo conflitto mondiale era alle porte e il ministero della Difesa americano (all’epoca il “Dipartimento della guerra”) ancora non aveva una sede adeguata. Il governo optò per un nuovo edificio ad Arlington, sulle rive del Potomac, giusto di fronte a Washington. Bisognava impiegare il minimo indispensabile di acciaio, per conservarlo per lo sforzo bellico imminente. Il risultato fu un palazzo in cemento armato che non si sviluppa in altezza – solo quattro piani – ma che occupa una grande superficie. La costruzione del Pentagono, progettato da George Bergstrom, iniziò l’11 settembre 1941 e i lavori terminarono in meno di due anni. Poiché ubicato nello stato della Virginia, l’edificio fu organizzato secondo le leggi di segregazione razziale, con bagni e mense separate. Ma quando Roosevelt lo visitò prima dell’inaugurazione ordinò di rimuovere subito tutte le insegne “white only”. Alle proteste del governatore Darden il presidente rispose che il palazzo, anche se su suolo della Virginia, era sotto la giurisdizione federale. Così il Pentagono è rimasto l’unico edificio dello stato dove non è mai stata applicata la segregazione.
Erano passati esattamente sessant’anni dalla posa della prima pietra quando, l’11 settembre 2001, cinque terroristi di Al Qaeda dirottarono il volo American Airlines 77 facendolo schiantare contro il lato ovest del palazzo. Oltre agli attentatori, morirono tutti i 59 passeggeri e 125 persone a terra. Avrebbero potuto essere molte di più, ma in quel periodo il Pentagono era in ristrutturazione, e quindi c’era meno personale del solito.